桑助来分析指出，政府绩效评估的问题首先是发展不平衡。文章认为，目前，政府绩效评估和管理尚未在全国全面推开，大多数地区还是采用传统的考核方式，以公务员个人总结代替部门考核，以年度会议代替绩效目标制定，以单项评比检查代替综合绩效评估。
二是政府绩效评估缺乏统一的政策指导和法规保障。文章指出，中国地方政府绩效评估实践十几年来一直处于自发状态，工作的启动和开展主要取决于地方政府领导人对这项工作的认识程度。目前，还没有出台全国性的政策法规，造成地方政府绩效评估工作的持续性不强，经验交流和推广不够，评估实践的广度、深度和力度受到严重影响。
三是绩效评估指标体系不健全。文章指出，一些地方制定政绩考核标准时，一味追求经济增长，以GDP高低论政绩好坏，不能很好处理经济建设与社会发展和环境保护关系，存在忽视社会事业发展和环境保护问题。有的甚至大搞“形象工程”、“政绩工程”。
四是绩效评估的科学化程度不高。文章指出，绩效评估的主体主要是上级行政机关，社会公众参与较少；评估的内容重工作过程成果，尚未深入到对工作最终效果的评估；评估方式多为 “运动式” 、“评比式”，随意性较大，持续性规范性不强；政府绩效评估的封闭性、神秘性、主观性较强，透明度、公开化和客观性还不够，缺乏必要的社会监督和制约。
五是绩效评估理论对实践的引导力度不够。文章认为，中国政府绩效评估的理论研究起步较晚，一些研究主要限于对国外绩效评估理论的介绍和评鉴，对中国政府绩效评估的实践总结提炼不够，中国特色的政府绩效评估理论体系尚未形成。