《通知》对行政法规、规章清理原则分别作出了规定。行政法规的主要内容已被新的法律、行政法规所代替的，要明令废止；行政法规适用期已过或者调整对象已消失，实际上已经失效的，要宣布失效；行政法规与法律不一致的，要予以修改。规章主要内容与法律、行政法规相抵触的，或者已被新的法律、行政法规、规章所代替的，要明令废止；规章适用期已过或者调整对象已消失，实际上已经失效的，要宣布失效；规章个别条款与法律、行政法规不一致的，要予以修改。
《通知》指出，及时清理行政法规、规章是维护法制统一和政令畅通，推进依法行政，建设法治政府的客观要求和重要措施。各地区、各部门要高度重视这次清理工作，加强领导，抓好督促检查，整个清理工作要于２００７年１０月底前完成。行政法规清理工作完成后，清理结果将报国务院批准后向社会公布。规章清理工作完成后，各省、自治区、直辖市、较大的市和国务院各部门要将清理结果和现行有效规章目录向社会公布。