根据方案，深圳市政府直属机构除公安局、教育局、民政局、司法局、审计局、口岸办、台办共７个机构暂不作调整外，市政府其他工作部门、直属机构等都纳入了调整规范。机构改革调整后，市政府设置３１个工作部门（个别机构暂缓调整），共减少机构１５个，精简幅度约三分之一。
从方案分析，这次改革调整的主要机构有：市贸易工业局、市科技和信息局、市高新办、市保税区管理局、市信息办整合组成市科技工贸和信息化委员会；市规划局、市国土资源和房产管理局整合组成市规划和国土资源委员会；市卫生局、市人口和计划生育局整合组成市卫生和人口计划生育委员会；市人事局、市劳动和社会保障局整合组成市人力资源和社会保障局；市文化局、市育局、市旅游局、市政府文化产业发展办公室整合组成市文体旅游局；市工商局、市质量技术监督局、市知识产权局整合组成市市场监督管理局；市交通局、市公路局、市交通综治办（轨道办）组成市交通运输委员会，宝安区和龙岗区交通局与公路局的职能与机构，由市交通运输委员会统一管理，各区不再承担市政道路建设、管养职责。